《少年锦衣卫》的故事梗概如下：
故事背景设定在大明初起之时，明太祖朱元璋设立锦衣卫亲军指挥使司，后分设南北镇抚司，稽查百官，权势显赫。袁小棠是动画中的男主角，身为北镇抚司指挥使袁笑之的独子，刚当上锦衣卫不久，便因不服命令，打伤上司，被关在牢中反省思过。在牢中，袁小棠与神秘犯人成为朋友，学得一套诡异的武功。袁笑之发现儿子不学无术，在武场上严厉惩戒，却被皇城中冥火僧放出的烟花打断。此时，皇城惊变，袁笑之在平定三盗大闹京师的事件中不幸“身亡”，南镇府司镇府使季鹰趁此时机成为了新任指挥使。袁小棠眼见皇城惊变和父亲“身亡”，一心想要证明自己，并寻找父亲死亡的真相，于是展开了一系列调查。
在寻找真相的过程中，袁小棠遇到了女主角方雨亭，她是袁小棠的青梅竹马，两人共同经历了许多冒险和挑战。同时，袁小棠还结识了石尧山、段云、阿九等伙伴，他们一起对抗邪恶势力，揭露了朝堂和江湖中的诸多阴谋。
在剧情的推进中，袁小棠逐渐成长为一个有担当、有智慧的锦衣卫，他不仅揭露了父亲死亡的真相，还平息了朝堂和江湖的纷争。最终，袁小棠和伙伴们一起守护了大明的安宁，实现了自己的抱负和理想。
整个故事以明朝锦衣卫为背景，融合了热血、武侠、战斗等元素，剧情紧凑、情节跌宕起伏，人物形象鲜明立体。同时，动画在画面制作和音乐配乐方面也表现出色，为观众呈现了一部精彩的国产动画作品。
